Desde el punto de vista geológico, el municipio de Cobisa se asienta sobre materiales sedimentarios depositados hace unos 80 millones de años: arenas, limos, brechas y cantos, en plena «Meseta cristalina de Toledo». Encontramos acuíferos subterráneos (vetas de agua), que provienen de la Sierra de Layos. Estamos justo al borde de la famosa falla denominada «Milonita de Toledo». Esta es la responsable del acusado desnivel que tenemos que salvar para «bajar» a Toledo.
Solamente contamos con un arroyo estacional llamado «De la Degollada». Cerca se encuentran los arroyos de la Rosa y Guajaraz. También se encuentra el embalse del Guajaraz a tres kilómetros de distancia.
Su vegetación climax es el bosque de encina. Al norte encontramos el pino piñonero, el tomillo, la siempreviva, el cantueso y la olivarda. También el olivo, y como cultivo extensivo de secano el
trigo y la cebada.
En cuanto a la fauna, en la zona se pueden encontrar los siguientes mamíferos: topo ibérico, musaraña común, zorro, turón, garduña y el lirón careto. La perdiz, el conejo común y los ratones de campo son algunos de los mamíferos que campan por las tierras cobisanas.
El término de Cobisa mantiene el habitat adecuado para albergar en toda extensión la población del Águila Imperial, en las distintas etapas de su ciclo vital, de hecho es bastante habitual observarlas buscando presas. También se puede encontrar, la Cigüeña Negra, siendo este lugar de reproducción y concentración migratoria. También el Buitre Negro, es un ave que puede verse en Cobisa.
Finalmente en anfibios destaca la presencia del protegido gallipato.
